X熒光光譜儀作為眾多廠家選擇的分析儀器，其無損檢測特性，可分析材料從合金、礦石、塑料、液體跟甚至于氣體樣品。測量結果同樣會產生不確定性。不確定性的因素來源于......
分析樣品的準備過程中不確定度來源
分析樣品的準備過程包括取樣、制樣和將樣品提供給分析儀器。
所取樣品是否具有代表性對于所有基于取樣或抽樣的分析都是非常重要的。用于X射線熒光光譜定量分析的樣品通常只有幾十毫克到幾克，但它們代表的對象的量卻往往要大得多。所以，取樣必須遵照一定的規范。
為了適于測量和進行定量分析往往需要對樣品進行某些處理，即所謂樣品制備，如拋光、粉碎、壓片、溶解或者熔融等，在此過程中又往往需要加入一些添加劑如助磨劑、黏結劑、溶劑或熔劑、氧化劑、脫模劑等等。必須保證提供給分析儀器測量的樣品符合均勻性的要求，因為真正被X射線激發并用于分析的體積只是提供給分析儀器測量的樣品的部分。例如，提供的直徑為40mm厚度為5mm的樣品，真正用于分析的可能是直徑為二十幾毫米厚度僅為數微米的樣品表面部分（厚度將與激發源的能量、樣品本身的組成和密度等有關）。在樣品制備過程中由于使用工具和添加劑可能會引入雜質，甚至樣品制備過程中的環境，如空氣中的粉塵等也會污染樣品，而有些處理過程又可能改變樣品的組成。
在取樣過程中，各種計量器具的使用如用于稱量的天平、移取液體的移液管等，也存在引入不確定度的可能。
X熒光光譜儀的不確定度來源
測量過程中的不確定度來源
測量過程是指獲取分析元素特征譜線強度的過程。樣品激發以及光子從樣品到探測器的光路中的各個環節都存在導致不確定度的因素。
數據處理過程中的不確定度
數據處理過程是指從測量的譜線強度計算樣品中元素濃度的過程，包括根據標準樣品建立校正曲線和根據校正曲線計算未知樣的濃度。